Чем больше в воде органических веществ, тем больше в ней микроорганизмов. Менее всего загрязнена атмосферная вода. Обсеменение подземных вод микробами зависит от глубины, с которой вода поступает. Артезианская вода бедна микроорга­низмами. Больше всего их в водах прудов, озер и рек, особенно при загрязнении их стоками. В воде опреде­ляют количество микроорганизмов в 1 мл (микробное число), коли-индекс — количество кишечной палочки 1 л воды и др. В воде встречаются и энтомопатогенные микроорганизмы Pseudomonas, Esherichia и др.