Микроорганизмы очень широко используют в микробиологической, пищевой и целом ряде других отраслей промышленности, а также в сельскохозяйственном производстве, медицине и ветеринарии.

Живое «население» почвы следует рассматривать одним из важнейших факторов плодородия. Одну из ведущих ролей здесь играют лучистые грибы Они способны вырабатывать биологически активные вещества, стимулирующие рост и развитие высших и низших организмов. Изкультур актиномицетов выделены биотин, тиамин, рибофлавин, пантотеновая и никотиновая кислоты, аминокислоты и другие ростовые вещества. Микрококки играют также большую роль в почвообразовании. Они разлагают органические остатки, осуществляя аммони­фикацию белковых веществ. Большую роль играют клубеньковые бактерии, так как без них бобовые растения не выполняют функции азотонаконителей.

Пищевой, текстильной, кожевенной и другим отрас­лям промышленности требуются химически чистые фер­менты. В этом плане очень перспективно использование актиномицетов. Для удаления шерсти со шкур приме­няют фермент кератиназу, получаемую из этих микро­организмов.

Спиртовое брожение, используемое в пищевой про­мышленности, основано на использовании пивных, хлеб­ных и кефирных дрожжей, а уксуснокислое — бактерий из рода Acetobacter.

Молочнокислое брожение осуществляется с помощью микробов Str. lactis, Bact. acidophilus, Bact. bulgaricum, Bact. casei. Они очень широко используются для изготвления кефира, ацидофилина, кумыса, сливочного мас­ла, хлеба, квашения капусты и т. д. На действии этой микрофлоры основано силосование кормов для сельскохотяйственных животных.

Для лечения бактериальных, грибковых и некоторых паразитарных заболеваний животных, прудовых   рыб, пчёл и шелкопрядов широко применяются антибиотики. Из антибиотиков, продуцентами которых являются актиномицеты,  наиболее успешно в ветеринарии используют стрептомицин, тетрациклин, синтомицин, неомицин, эритромицин, олеандомицин, тилозин. К противогрибковым препаратам относятся нистатин, леворин, гигромицин. Для борьбы с вредными насекомыми широко применяются бактериальные препараты (энтомопатогенные).