Диагноз ставят его на основании характерных ярко выраженныx признаков болезни. При европейском гнильце чаще поражаются молодые личинки, которые лежат на дне ячейки в виде кольца. О наличии болезни судят по имеющемуся пестрому расплоду, т. е. в ячейках сотов видны здоровые, больные и погибшие личинки. Больных и погибших личинок, подвергшихся видимым изменениям, легко обнаружить среди ячеек со здоровым расплодом. Осложняется постановка диагноза при одновременном поражении открытого и печатного расплодов. В этом случае возможно наличие в данной семье смешанной инфекции или одновременное поражение европейским, американским гнильцами и мешотчатым расплодом. Необходимо исключить и наличие порошковидного расплода, так как при этом заболевании также поражается печатный расплод. Точный диагноз можно поставить только в ветеринарной лаборатории по результатам бактериологических, бактериоскопических и серологических исследований.